一、限期内认证
纳税人在取得增值税专用发票后，应在发票开具日起180天内到税务机关进行认证，否则相关进项税额不得抵扣；但对于特殊情况逾期未认证的发票，属于以下情况的，税务机关允许继续认证抵扣：
（一）自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素；
（二）增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
（三）有关司法、行政机关因公扣押增值税扣税凭证；
（四）税务机关因硬件问题未能及时处理纳税人网上认证数据；
（五）买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证；
（六）纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期不能认证；
（七）企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期不能认证。
（国家税务总局公告2011年第50号）
二、简化认证程序
2016年3月1日起，纳税信用A级纳税人取得增值税发票系统（升级版）开具的增值税发票，可以不到税局逐张扫描认证，可以选择登录企业所在省份的增值税发票查询平台，查询、选择用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息，即增值税专用发票在线免扫描认证；2016年5月1日后，简化认证的范围扩大到纳税信用B级以上的纳税人，纳税信用B级以下的纳税人和网上无法查询到对应发票信息的，仍可以到税局进行扫描认证。
（国家税务总局公告2016年第7号、国家税务总局公告2016年23号）
三、纳税义务发生时间
为了预防增值税专用发票逾期未进行认证，企业财务人员应该了解纳税义务的发生时间，要求供应商在纳税义务发生时开具发票，并及时送达企业。
（财税2016[36]号、中华人民共和国财政部令国家税务总局第50号）
四、保证三流一致
企业财务人员在取得增值税专用发票后需要认真核实发票的内容，与企业的采购合同、实际发生的业务必须一致，保证货物流、资金流、票流一致，才能抵扣相关的进项税额。
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（《发票管理办法》第二十二条、《中华人民共和国合同法》第八十四条和八十八条）
五、向小规模纳税人和个体户采购，也可取得专票
小规模纳税人和个体户可以凭购销证明和有关证件到主管税务机关申请代开增值税专用发票。
（国税发[2006]156号）
六、遗失增值税专用发票
应该在发现遗失当日书面报告主管税务机关，并在《中国税务报》上登报声明作废；同时需携带相关资料到主管税务机关办理挂失登记：
（一）《发票税务证件挂失损毁表》
（二）有报案的需提供公安部门受理报案文件
（三）刊登遗失声明的报刊版面原件和复印件
（国家税务总局令第25号第三十一条）
★对于丢失已开具专用发票的抵扣联：
（一）若丢失前已认证相符的，可使用发票联复印件留存备查；
（二）若丢失前未认证的，可使用发票联认证并留存备查。
★对于丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联：
若丢失前未认证的，可使用销售方提供的记账联复印件进行认证，认证相符的可凭记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为抵扣凭证；记账联复印件和《证明单》留存备查。
（国家税务总局公告2014年第19号）
